Edificata nel 1556, come testimoniano gli atti delle visite pastorali dei Vescovi Gian Antonio Volpi (1571, 1578 e 1580), Feliciano Niguarda (1591) e Filippo Archinti (1599, 1602 e 1609), nel tempo la Casa parrocchiale è stata oggetto di numerosi interventi di ampliamento e manutenzione.
Dalle «due semplici camerette a volta» citate negli inventari delle prime visite pastorali, si è passati a «sei angusti locali e una cella vinaria» descritti dal Vescovo Carlo Ciceri nella sua visita del 1684 fino a raggiungere, all'inizio del 1900, la struttura attuale.
Degni di nota sono gli interventi promossi nel 1930 dal Parroco don Cesare Lepori, in concomitanza con il rinnovo della facciata princiale della Chiesa e quelli attuati dalle Autorità comunali di Gentilino e Montagnola nel 1975.
L'ultimo importante intervento risale al 2011 quando, oltre ad un generale risanamento dell'edificio, venne aggiunto un nuovo corpo a sé stante nel quale sono stati inseriti a piano terra l'ufficio del Parroco e in quello inferiore l'archivio parrocchiale.