Da una testimonianza del 1677, si evince che all’epoca nell’oratorio di Viglio si celebrava una messa settimanale in adempimento a un legato del defunto Cipriano Del Feo, fondatore della chiesetta.
In quest’epoca, l’oratorio era senza soffitto («sub tecto»), conteneva una sola cappella a volta con l’altare, imbiancata, racchiusa da cancellata di legno. Non possedeva una sacrestia, ma le suppellettili erano custodite in un armadio a forma di scranno. L’edificio possedeva una sola campana. Nell’oratorio era custodita una tela raffigurante l’evangelista San Giovanni col suo simbolo, l’aquila, affiancato da un altro Santo che regge la palma del martirio con la mano sinistra e la spada con la destra. Sovrasta tutti una Madonna col Bambino attorniata dalle schiere celesti.
Il Consiglio comunale di Gentilino, nella primavera del 1989, ha stanziato un credito per il rinnovamento del luogo sacro di Viglio e dell’oratorio della Presentazione di Gesù al tempio in Gentilino.
Il 2 dicembre 2003 sono state inaugurate delle nuove vetrate, ideate e realizzate da Fra Roberto Pasotti utilizzando l'innovativa tecnica denominata «fushing». A mezzo di accenni di color rosso, giallo-oro e sflumature di blu il frate/artista ha voluto rappresesntare la passione, la morte e la resurrezione del Cristo.
Il 26 dicembre 2013, in occasione della festa di San Giovanni, l'oratorio è stato arricchito da un dipinto rappresentante la «Sacra famiglia con San Giovannino» (olio su tela del '700 di autore italiano ignoto) restaurato da Mario Graf di Vaglio grazie al generoso contributo della Confraternita del SS. Rosario.
La festività di San Giovanni si celebra il 27 dicembre.