Si ha notizia in un documento del 1670 che, prima dell’erezione dell’oratorio, esisteva a Certenago una «capella ad orandum». L’oratorio fu benedetto il 4 aprile del 1695 dal provicario di Lugano.
Da una descrizione del 1702 esso appariva pavimentato in cemento, imbiancato, con soffitto a volta, ben illuminato da due finestre munite d’inferiate, ma umido. Conteneva una sola cappella, nella parete laterale dalla parte dell’epistola. Presentava una pittura su tela con l’immagine della Beata Vergine Maria, di San Mattia, di San Rocco e di altri Santi. Nella parte anteriore era sistemata una porta, mentre la campana era sistemata su due pilastri sporgenti dal tetto, con una fune pendente nell’oratorio, nell’angolo fuori dalla cappella, dalla parte dell’epistola. Non aveva sacrestia, per cui le sacre suppellettili erano conservate in una cassa riposta nella cappella dal lato del vangelo. Vi si celebrava per la devozione degli abitanti del luogo, che provvedevano alla manutenzione con le elemosine.
In occasione dell’allargamento del campo stradale, nel 1937, l’oratorio fu ricostruito su un terreno adiacente, messo a disposizione dalla famiglia Berra-Tognetti. Nel 2000 si è provveduto al rifacimento del tetto e nel 2002 un mosaico raffiugurante San Mattia, opera di fra Roberto Pasotti, è stato posto sulla facciata.
La festività di San Mattia si celebra il 14 maggio e quella di San Rocco il 16 agosto.